Остальная часть игры проходит в заброшенном секторе базы, где проводились исследования первого телепорта. Калхун, Розенберг, и двое учёных (Уолтер Беннет и Симмонс) пытаются запустить телепорт. Калхун телепортируется в чужеродный мир Зен, чтобы включить триангуляционный прибор. После возвращения, Калхуну приходится вступить в схватку со спецназом и пришельцами, пока трое учёных телепортируются к выходу. Калхун также проходит через телепорт, который вдруг даёт сбой, и начинает перемещать Барни по всему комплексу. Наконец, он в безопасности телепортируется к выходу из комплекса и вместе с тремя учёными спасается на джипе.
В некоторых моментах Blue Shift Калхун может встретить главного героя Half-Life — Гордона Фримена: Калхун стоит перед запертой дверью в Секторе 3 и видит как Фримен проезжает мимо него в вагоне монорельса; использовав камеры наблюдения, Калхун также может увидеть, как Фримен следует по коридорам Лабораторий Аномальных Материалов к раздевалке с костюмом HEV; в той же комнате с мониторами можно увидеть, как Джина Кросс (главная героиня Half-Life: Decay) доставляет в лабораторию Образец; перед самым окончанием Blue Shift, Калхун видит, как два солдата волокут бесчувственного Фримена к мусорному прессу. В главе «Долг зовёт» в разговоре двух солдат, сбрасывающих тела в канализацию, можно услышать отсылку к Opposing Force: один из солдат говорит другому: «...просто потому, что команда Шепарда не смогла это сделать, мы должны заниматься этой дерьмовой работой?».
Blue Shift — самая короткая игра в серии Half-Life (не считая Half-Life 2: Episode One). Стоит отметить, что Blue Shift также единственная игра серии, в которой история главного героя «закончена», в то время как Half-Life, Opposing Force, Half-Life 2 и его продолжения-эпизоды в конце оставляют игрока на интригующем моменте, предвещающем неизвестное или смутное развитие дальнейшего сюжета. Таинственный персонаж G-Man, с неизвестными целями наблюдающий и контролирующий действия других героев, встречается в Blue Shift лишь однажды и, очевидно, по случайности. Это показывает, что он совсем не интересуется действиями Барни и считает его незначительной фигурой для дальнейшего изучения или устранения.
Главы
Глава 1: Внешние жилые сектора (англ. Living Quarters Outbound) — Калхун едет по территории Чёрной Мезы в вагоне монорельса. Он задерживается перед дверью с заклинившей системой безопасности, которая не пускает его внутрь комплекса, и видит проезжающего мимо Гордона Фримена.
Глава 2: Ненадёжность (англ. Insecurity) — Калхун проходит в помещения охраны, где он надевает свою экипировку. Барни посылают помочь нескольким учёными со сломанным лифтом; по дороге Калхун замечает G-Man’a, едущего в вагоне монорельса. После починки лифта происходит каскадный резонанс; лифт неожиданно ломается и падает вниз вместе с Барни и двумя учёными.
Глава 3: Долг зовёт (англ. Duty Calls) — Калхун приходит в себя перед разбитым лифтом и замечает несколько инопланетных существ, поедающих труп охранника. Двое учёных из лифта мертвы, и Калхуну приходится в одиночку продвигаться по промышленным областям Чёрной Мезы, в надежде найти помощь. Во время продвижения по канализации, он видит как спецназовцы сбрасывают в открытые канализационные люки трупы людей из персонала. Барни понимает, что войска правительства пытаются скрыть инцидент, не давая персоналу комплекса эвакуироваться на свободу.
Глава 5: Точка фокусировки (англ. Focal Point) — Розенберг и Калхун достигают старой части Чёрной Мезы, где раньше проводились исследования телепортации. Чтобы запустить телепорт, Калхун отправляется в Зен и активирует прибор для контролирования телепортации.
Глава 7: Прыжок веры (англ. A Leap of Faith) — Калхун помогает обслуживать телепорт, чтобы учёные смогли воспользоваться им. Он убегает от солдат и прыгает в телепорт следом.