В оригинальном Half-Life, провал эксперимента в научно-исследовательском комплексе «Чёрная Меза» и последующий «каскадный резонанс» открыли межпространственный портал, через который из параллельного мира Зен в комплекс проникли полчища пришельцев. Выжившие учёные и охранники пытаются сбежать из Чёрной Мезы всеми возможными способами. Посланные правительством спецподразделения HECU проводят масштабную операцию «зачистки», которая предполагает уничтожение пришельцев в Чёрной Мезе, а также «устранение» любых свидетелей — то есть, всего персонала научного центра. Адриан Шепард, персонаж игрока, является участником этой операции. После того как его вертолёт, сбитый инопланетным летательным аппаратом, падает на землю, он отстаёт от своей группы и присоединяется к другим солдатам-одиночкам, пытаясь пробиться к точке эвакуации через охваченный войной комплекс.
После нескольких ожесточённых битв, которые начинают склоняться в пользу пришельцев, Шепард узнает, что был отдан приказ отступать. Секретные отряды чёрных оперативников, действуя независимо от спецназа, собираются уничтожить Чёрную Мезу с помощью термоядерных боеголовок. Шепарду, тем не менее, удаётся деактивировать бомбу, но позже он видит, как таинственный G-Man снова включает её. После победы над пришельцем-Геночервём, Шепард неожиданно оказывается в вертолёте вместе с G-Man’ом. G-Man сообщает Шепарду, что тот будет задержан в месте, где он будет в безопасности и сам не сможет никому навредить. Он объясняет Адриану, что тот напоминает ему его самого, но Адриан, к сожалению, всё ещё опасный свидетель. На этом игра заканчивается.
Главы
Глава 1: Противостоящая сила (англ. Opposing Force) — капрал Адриан Шепард и его команда достигают ПС (Посадочная зона 112) в Чёрной Мезе. Их транспортный вертолёт сбивает скатообразный летательный аппарат цивилизации Зена под названием «Манта». Во время крушения Шепард теряет сознание, а когда приходит в себя — видит вооружённые столкновения между солдатами HECU и пришельцами Зена.
Глава 3: «Мы отступаем» (англ. «We are Pulling Out») — Шепард продвигается через Чёрную Мезу к назначенной точке сбора и впервые видит представителя таинственной Расы Х, которая, кажется, собирает людей для изучения в своём мире. Шепард достигает точки сбора, но G-Man не даёт Шепарду эвакуироваться с остальными, заперев его в ангаре. Последний вертолёт со спецназовцами улетает.
Глава 4: Пропавший без вести (англ. Missing in Action) — Шепард вынужден продолжить своё путешествие по Чёрной Мезе, пытаясь найти другой выход из комплекса. После путешествия через наводнённую хедкрабами и зомби утилизирующую печь, Шепард встречает других спецназовцев, которые также не успели покинуть комплекс. Солдаты присоединяются к Адриану и они вместе пытаются выбраться с территории комплекса.
Глава 5: Дружественный огонь (англ. Friendly Fire) — После битвы в офисных комплексах, наводнённых пришельцами, Шепард добирается до ангара, где он замечает двух солдат в чёрной униформе, которые загружают в грузовик ядерную боеголовку. Как только они замечают Адриана, тут же атакуют его и Шепарду приходится защищаться. Он понимает, что чёрные оперативники были посланы убить оставшихся в Чёрной Мезе людей (в том числе и не успевших эвакуироваться спецназовцев) и положить конец инопланетному вторжению. Шепард снова встречает несколько дружественных солдат и они вновь вступают в сражение против оперативников, в конечном счёте добираясь до подземной железной дороги, ведущей в комплекс «Лямбда».
Глава 6: Мы не одни (англ. We Are Not Alone) — Шепард прибывает прямо в телепортационный зал комплекса «Лямбда» и замечает Гордона Фримена, телепортирующегося в Зен. Отбиваясь от пришельцев-контроллеров, Шепард также прыгает в другой новообразовавшийся портал и некоторое время путешествует сквозь Зен, где вскоре находит портал обратно в комплекс.
Глава 7: Глубина крушения (англ. Crush Depth) — Вернувшись в Чёрную Мезу, Шепард попадает в затопленные лаборатории гидрофауны, где обитают несколько инопланетных амфибий — ихтиозавров. После путешествия через лаборатории, Шепард снова прыгает в телепорт, ведущий в Зен, и вновь возвращается в соседнюю часть комплекса.
Глава 8: Подменённая реальность (англ. Vicarious Reality) — Шепард пробивается сквозь комплекс лабораторий «Биокупола», используемых ранее как центр по изучению флоры и фауны Зена. Наконец, он добирается до старой индустриальной области, и слышит радио передачу от группы спецназа, сражающейся с какими-то неизвестными существами.
Глава 9: Гнездо пещерного червя (англ. Pit Worm’s Nest) — Шепард попадет в область по переработке отходов, где огромный инопланетный червь блокирует ему путь. Шепард убивает червя, подлив ему в воду токсические отходы и проходит в следующую область Чёрной Мезы, канализацию.
Глава 11: «Посылка» (англ. «The Package») — Шепард продвигается по поверхности Чёрной Мезы, сталкиваясь с многочисленными отрядами чёрных оперативников, их артиллерией и вертолётом AH-64 «Апач», а также с пришельцами — шоковыми солдатами. В конце уровня он добирается до подземной автостоянки, где двое чёрных оперативников активируют термоядерную боеголовку для уничтожения комплекса. Шепард убивает их и деактивирует бомбу, но позже видит как G-Man снова активирует заряд.
Глава 12: Столкновение миров (англ. Worlds Collide) — После путешествия через склад, наводнённый оперативниками и созданиями Расы Х, Шепард попадает в индустриальную зону Чёрной Мезы, где сталкивается с огромным Геночервём, биологической формой жизни Расы X, пытающейся пробраться через портал на Землю. Геночервь атакует Шепарда, но капрал, используя стационарные лазерные турели, ослепляет и убивает чудовище; когда оно умирает, вокруг него начинают появляться порталы, в один из которых попадает Адриан.