Главы
Фримен приходит в себя внутри вагона поезда, потерпевшего крушение. Продвигаясь по поезду, он видит снаружи Аликс, которая, используя грави-пушку, помогает Гордону выбраться из вагона. Выйдя на открытое пространство, они наблюдают зарождение сверхпортала над руинами Сити 17 и связываются со штабом повстанцев, Белой Рощей, где укрылись отец Аликс Илай Вэнс, учёный Айзек Кляйнер и их старый коллега по Чёрной Мезе, доктор Арнольд Магнуссон; все вместе они руководят постройкой ракеты, при помощи которой планируют закрыть портал. Узнав от Аликс, что у них в наличии данные, украденные из главного суперкомпьютера Цитадели, доктор Магнуссон призывает её как можно скорее доставить их ему, а сам ускоряет подготовку ракеты к запуску.
Около заброшенной угледобывающей шахты «Имени 50-летия Победы» на героев нападает боевой синтет Альянса — охотник, который наносит тяжёлые ранения Аликс. Гордона выручает вортигонт, который освобождает его из-под завала и вызывает своих соплеменников, чтобы исцелить Аликс. Вортигонт с Гордоном отправляются в шахты, чтобы получить помощь, но из-за рухнувшего лифта пути Фримена и вортигонта, поддерживающего жизнь в Аликс, расходятся. Фримену приходится пробираться через гнездо муравьиных львов, которое находится под землёй и частично пересекаются с шахтами.
Глава 2: Кольцо Ворта (англ. This vortal coil)
Для спасения Аликс требуется особый «личиночный экстракт», и для того чтобы добыть его, Гордону и одному из вортигонтов необходимо отправиться вглубь гнезда муравьиных львов. По пути Фримену приходится столкнуться со стражем гнезда муравьиных львов, которого нельзя убивать, так как, по словам вортигонта, это погубит экстракт.
Добыв экстракт, герои доставляют его к вортигонтам, которые исцеляют Аликс. Однако во время исцеления, Фримена, вспользовавшись моментом, «выдёргивает из реальности» G-Man и сообщает ему, что необходимо во что бы то ни стало доставить Аликс в Белую Рощу; G-Man упоминает, что всегда придавал Аликс некое особое значение. G-Man также внушает находящейся без сознания Аликс передать её отцу, чтобы тот был готов к «непредвиденным последствиям». G-Man исчезает, а Гордон и вернувшаяся к жизни Аликс намереваются продолжить путешествие в Белую Рощу. Один из вортигонтов берётся показать им путь. Другие вортигонты уходят, чтобы продолжить охоту за Советниками.
Глава 3: Папа Фримен (англ. Freeman pontifex)
Выбравшись из шахт, герои замечают марширующую вдалеке крупную армию Альянса, которая движется в сторону Белой Рощи. Вортигонт говорит, что в лагере повстанцев неподалёку есть автомобиль, с помощью которого можно опередить силы Альянса. Добравшись до лагеря (уничтожив выбравшегося на поверхность стража гнезда муравьиных львов и его сородичей), герои обнаруживают, что после столкновения там войск Альянса, повстанцев и хедкрабов лагерь полон всеми видами паразитов и зомбированных ими людей, включая солдат Альянса. Вортигонт и Аликс, которая вооружилась снайперской винтовкой, остаются прикрывать Гордона, а сам он идёт к автомобилю, который стоит на другом конце моста. Добравшись до машины, Гордон заводит её и не без труда пересекает мост (из-за очередного портального вихря он частично обрушивается). Гордон и Аликс прощаются с вортигонтом и продолжают своё путешествие на машине.
Глава 4: Вооружён и на дороге (англ. Riding shotgun)
Из-за того, что часть дороги разрушена, Фримену и Аликс приходится ехать по объездному пути. По пути им встречается заброшенная, но все ещё работающая станция связи, где они пытаются связаться с Белой Рощей, отбившись от нападения отряда охотников Альянса. Однако из-за слабости сигнала доктор Магнуссон не расслышал предупреждения Аликс о надвигающейся армии Альянса.
Глава 5: На радаре (англ. Under the radar)
На базе повстанцев оказалась автомастерская. Аликс осталась помогать повстанцам с ремонтом автомобиля, а Гордон отправляется дальше, чтобы уничтожить преграждающий им путь аванпост войск Альянса, где они установили автоматическую пушку для борьбы с зомби, бредущими из Сити 17. Уничтожив пушку Альянса, Фримен возвращается в мастерскую — за время его отсутствия повстанцы не только починили машину, но и установили на ней радар, показывающий тайники Сопротивления. Герои продолжают путь, лишь изредка останавливаясь для проверки тайников (в одном из них даже обнаруживается ракетомёт). Около заброшенной гостиницы войска Альянса устраивают засаду против Аликс и Гордона. В конце концов, герои добираются до Белой Рощи, встретив по пути робота Пса (Пёс уничтожает страйдера, которого нёс для разведки сбитый охранниками Белой Рощи транспортёр).Глава 6: Наш общий недруг (англ. Our mutual Fiend)
После этого Гордон, Аликс, Илай и Кляйнер просматривают видеопослание, записанное Джудит Моссман. В нём Моссман сообщает об обнаружении считавшегося потерянным корабля «Борей», на борту которого предположительно находится опасная телепортационная технология, разработанная в Лаборатории исследования природы телепортации компании Aperture Science. Кляйнер предлагает использовать технологию против Альянса, но Илай решительно отвергает это предложение, помня катастрофу в Чёрной Мезе. Сначала он решает сам лететь туда, чтобы спасти Джудит и уничтожить «Борей», но Аликс убеждает его, что она и Гордон справятся. Внезапно, на пустом экране на мгновение появляется G-Man, и Аликс передаёт отцу его слова: «Будь готов к непредвиденным последствиям». Шокированному Илаю становится плохо, и когда Аликс выходит, чтобы принести ему чаю, он рассказывает Гордону о том, что в последний раз слышал эти слова в Чёрной Мезе, незадолго до катастрофы. По его словам, именно G-Man доставил образец аномального материала, из-за которого начался каскадный резонанс, и что именно G-Man тогда спас маленькую Аликс из Чёрной Мезы.
В этот момент доктор Магнуссон даёт Фримену новое задание — помочь повстанцам защитить Белую Рощу от массированной атаки боевых страйдеров, которые пытаются сорвать запуск ракеты. Магнуссон обучает Фримена обращению с созданным им оружием против страйдеров. Тем временем, техники повстанцев модернизируют машину Гордона — радар теперь снабжён детектором движения (показывает врагов красными точками, союзников — зелеными) и посылает сигнал на костюм, чтобы её (машину) было легче найти. Фримен и повстанцы принимают тяжелый бой против страйдеров в долине около базы, так как любой из них способен уничтожить ракету, подойдя к шахте на расстояние, необходимое для выстрела. Кроме того страйдеры постепенно разрушают укрепления повстанцев в постройках долины, где содержатся боеприпасы и мини-порталы, через которые доставляют устройства Магнуссона.
Глава 7: T-Минус Один (англ. T-minus one)
За время, пока подготавливался запуск ракеты и отражалось нападение страйдеров, Аликс успела починить и заправить старый вертолёт Ми-17, чтобы без промедления вылететь с Гордоном на поиски «Борея». Илай отправляется в вертолётный ангар, чтобы проводить героев в их скорое путешествие. В этот момент в ангар врываются двое Советников Альянса, один из которых убивает Илая Вэнса. Другой Советник обездвиживает Фримена и Аликс телекинезом и уже готовится убить Аликс, но их спасает пришедший на помощь Пёс, заставив Советников отступить. Игра заканчивается видом Аликс, плачущей над телом погибшего отца.