Главы
Гордон постепенно пробуждается из стазиса, видя падающий в пустоту монитор, на котором председатель Брин произносит фразу, услышанную игроком в Half-Life 2: «Скажите мне, мистер Фримен, если сможете. Вы так много разрушили. Создали вы хоть что-нибудь? Можете назвать хоть одну вещь? Я так и думал…». Игрок снова появляется на вершине Цитадели и видит Аликс, застывшую в нескольких метрах от взрыва реактора. Неожиданно вокруг Аликс возникает множество вортигонтов, предстающих в странном фиолетовом свечении. Вортигонты совершают ритмичные движения руками в сторону Аликс; двое из них материализуются рядом с ней, ухватив её за руки. На секунду Аликс приходит в себя, видит вортигонтов и снова теряет сознание. Вортигонты телепортируют её прочь.
Далее сам Фримен отдаляется от ранее наблюдаемой картины; слышится мощный взрыв. Вспышка белого света — и перед игроком появляется G-Man. Он останавливается и только собирается что-то сказать, но внезапно слышит вортигонтов и удивлённо озирается. Те же вортигонты в фиолетовом свечении отделяют Фримена от G-Man’а и уносят его, также как и Аликс. Перед тем, как Гордон исчезает, G-Man яростно поправляет свой галстук и произносит: «Это мы ещё посмотрим…» (англ. «We'll see about that»).
Робот Аликс по кличке Пёс вытаскивает Гордона из-под завала, и взволнованная Аликс обнимает его. Они находятся у самого подножья Цитадели. Пёс вручает игроку гравипушку, а Аликс рассказывает о своём удивительном спасении и голосах вортигонтов. Тут Аликс через близлежащий узел связи Альянса вызывает её отец, лидер повстанцев Илай Вэнс, который вместе с Айзеком Кляйнером находятся далеко за городом. Илай в отчаянии: Цитадель должна вот-вот взорваться и накрыть взрывом весь Сити 17. Но доктор Кляйнер находит выход, очень рискованный, но единственный: Аликс и Гордону нужно вернуться в Цитадель и попытаться стабилизировать её ядро. Это должно удержать реакцию и дать Гордону, Аликс и повстанцам время для спасения. Пёс придумывает, каким способом герои могут попасть в Цитадель: он сажает их в старый микроавтобус и кидает его в проём в стене Цитадели. План срабатывает, но когда микроавтобус приземляется на площадку, пол под ним проваливается, и он падает в нижние уровни Цитадели.
Во время своего путешествия к ядру герои заходят в странную камеру, отличающиеся от других помещений Цитадели. В терминале этой камеры Аликс находит запись разговора доктора Брина и Советника Альянса, который можно было мельком услышать в Half-Life 2. В той записи Советник (способом телепатии) говорит Брину, что тот может стать неким «носителем», чтобы выжить после перемещения в мир Альянса. Во время просмотра этой записи на всех мониторах неожиданно появляется Советник и начинает наблюдать за Аликс и Гордоном. После этого персонажи видят, как по шахте, поперёк которой построена комната, поднимается сам Советник, разместившийся в эвакуационной воздушной шлюпке. Перед тем, как транспорт с Советником взлетает и эвакуируется из Цитадели, происходит что-то, что в комментариях к игре разработчики назвали «психической атакой». Перед глазами игрока внезапно начинают пульсировать розоватые всполохи, время долями секунды движется то быстро, то медленно. На Аликс это явление производит очень шокирующее впечатление — девушка с дрожью в голосе уговаривает игрока как можно быстрее покинуть это место.
Глава 2: Прямое вмешательство (англ. Direct intervention)
Глава 3: Обездоленные (англ. Lowlife)
Глава 4: Побег из города (англ. Urban flight)
Глава 5: Выход 17 (англ. Exit 17)
Затем Гордон и Аликс становятся в конец поезда, который отъезжает по запрограммированному Аликс с компьютера маршруту. В этот момент в Цитадели, наконец, происходит взрыв ядра. Из Цитадели начинают вылетать множество эвакуационных шлюпок Советников Альянса, спасающихся от взрыва. Некоторые из них, пролетая мимо поезда, вновь применяют психическую атаку. От Цитадели начинает распространяться взрывная волна разрушительной силы, уничтожая саму Цитадель и город. Взрыв настигает поезд уже за пределами стёртого с лица земли города. В последний момент Аликс подавленно шепчет «О Боже… Гордон…» и игра заканчивается.
Дополнительно
В игре G-Man теряет контроль над Фрименом. Вероятно, это произошло из-за вмешательства вортигонтов в начальной сцене игры, и, возможно, поэтому он больше не появляется и не наблюдает за игроком, как в Half-Life и Half-Life 2. То же касается и вортигонтов. Однако теперь за игроком наблюдает Советник Альянса, появляясь на мониторах в нескольких точках игры. Советник также возник на мониторе, когда Аликс пыталась забраться в базу данных Цитадели в той комнате, где советники подготавливались к эвакуации. Это означает, что Альянс, наконец, всерьёз обратил на Фримена внимание. В одном из интервью Гейб Ньюэлл так цитирует мысли лидеров Альянса: «Мы думали, что у нас всё под контролем, а этот человек причинил нам столько неприятностей. Надо бы уделить ему больше внимания».
С ослаблением власти Альянса повстанцы взяли под контроль телевизионную систему Сити 17. На протяжении всей игры уличные экраны и телевизоры транслируют сообщение доктора Кляйнера, информирующего силы Сопротивления о положении дел. Из этого выступления можно почерпнуть важные сюжетные детали:
+ Из-за уничтожения единственного канала связи земного контингента войск комбайнов со своей галактикой (реактор тёмной энергии, на котором работал телепорт Альянса) их силы были временно дезорганизованы, что облегчило деятельность Сопротивления. Однако, по словам Кляйнера, вскоре они найдут способ восстановить эту связь; когда это случится — всего лишь вопрос времени.
+ Уничтожение реактора также отключило подавляющее поле, которое доныне блокировало репродуктивную способность проживающих поблизости от Цитадели людей, поэтому «для всех настало время плодиться и размножаться», чтобы не дать сгинуть человеческой расе.
+ Сопротивление втайне уже разработало несколько высокотехнологичных проектов, которые должны помочь в борьбе с Альянсом (вероятно, к таким относятся спутник и уничтожитель страйдеров, впервые представленный Гордону в Episode Two).